第一話　使徒、襲來　(EPISODE:1 ANGEL ATTACK)

公元2015年，不明巨大怪物「使徒」再度出現，襲擊第三新東京市，十四歲的碇真嗣 [碇Ё⑦Ж]突然被分開多年的父親碇源堂[碇ヴ⑦Эヨ]急召相見，原來真嗣的父親挑選他作為「EVANGELION」(簡稱EVA)初號機的駕駛員，內心自卑的真嗣斷然拒絕。在危急之際，碇源堂只好召喚身受重傷的綾波麗 [綾波яユ]負傷出擊，眼見麗的慘況，激發出真嗣出擊迎戰使徒的心，最後真嗣願意駕駛EVA初號機迎戰使徒。

第貳話　陌生的天花板　(EPISODE:2 THE BEAST)

對初號機一無所知的真嗣，出戰迎擊使徒自然處於下風，初號機頭部受損，真嗣生命危在旦夕。就在眾人極度擔憂之際，初號機竟然號能夠再次起動，並發揮強勁威力將使徒消滅。戰後，真嗣的直屬上司葛城美里決定收留真嗣，原來美里的起居生活是一團糟的，不過，真嗣因此認識了美里所收養的一隻溫泉企鵝Pen Pen∼

第參話　不響的電話　(EPISODE:3 A transfer)

真嗣一方面是初號機的駕駛員，另一方面亦如普通的年青人要回校上課，於是接受EVA的訓練、返學，留在家中，然後作戰，真嗣每天都過著重複的生活，跟本沒機會認識新朋友，但當其他同學知道他是EVA駕駛員，便變成了班內最受歡迎的人物，迷茫的真嗣，有個男孩不停望著他哩！

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