第拾參話　使徒、侵入　(EPISODE:13 LILLIPUTIAN HITCHER)

三賢人是一副控制NERV核心的電腦，它控制NERV所有運作與資料，為了提高NERV駕駛員的技術，美里安排了一次模擬實驗，但在實驗時發生意外，引致NERV的設施受到嚴重感染，還有可能發生大爆炸…

第拾四話　SEELE　靈魂的寶座　(EPISODE: 14 WEAVING A STORY)

NERV和人類補完計劃的背後存在著一個秘密組織，現在NERV繼續做各方面的實驗，使徒的襲來與碇司令的決定令到委員會不滿，而秘密組織的介入是否為了實行死海文書？

第拾伍話　謊話與沈默
(EPISODE: 15 Those women longed for the touch of others' lips, and thus invited their kisses.)

朋友紛紛結婚，美里也感覺有此需要，在舞會完結後，美里、加持和律子三人在酒吧暢談，他們各有立場，到底三人的友誼能否維持？美里與加持的第二次相遇，能否帶給她一個最後的機會？

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