第拾六話　致死的疾病、之後　(EPISODE: 16 Splitting of the Breast)

真嗣因為同步率是三人之中最高，令到明日香十分妒忌，但是在真嗣一開始有信心的時候，便中了使徒「狄拉古之海」的陷阱，初號機的能量亦用盡，在絕望、孤獨之中，真嗣遇到另一個少年，就在最後一刻出現了新的希望…

第拾七話　第四個適合人選　(EPISODE: 17 FOURTH CHILDREN)

美國製造了EVA四號機，但在實際起動時，EVA四號機連同NERV美國第二支部一同被毀滅，碇司令照例沈默不語，並使用了模擬系統…另一方面，NERV亦要加快尋找新的駕駛員來駕駛三號機…

第拾八話　命運的選擇　(EPISODE: 18 AMBIVALENCE)

因為人類不知將面臨重大的生命威脅，所有人都如常生活；另一方面，三號機竟然被使徒入侵！要消滅使徒的話，就要殺死三號機裡面的駕駛員。真嗣、綾波麗、明日香他們三個人遭受到一次嚴峻的考驗…

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